27 октября 1940 года при возвращении из гидрографической экспедиции по восточной Арктике ледокол «Малыгин» погиб во время шторма у берегов Камчатки со всем экипажем и членами экспедиции. Всего погибших было 98 человек. Шторм был такой силы, что волны сокрушили палубные надстройки, сорвали кормовой люк. Вода начала поступать в котельную, вывела из строя машину. Команда судна успела подать сигнал "SOS". Волнами были разбиты все спасательные средства, разрушены многие надстройки. Около двух часов ночи судно перевернулось и затонуло со всем экипажем и гидрографической экспедицией. На помощь ледоколу из Петропавловска срочно вышли пограничные сторожевые корабли "Воровский" и "Дзержинский". Однако, прибыв в предполагаемый район бедствия, они пароход не нашли. Больше месяца продолжались интенсивные поиски "Малыгина". Место гибели ледокола так до сих пор и не найдено.
